２階の展示は、大き４つに分割されています。まず、２階入口付近に「皇民化」と日本国内の思想統制のコーナーがあり、更に端島や高島などへの朝鮮人強制連行、及び中国人強制連行がコーナー化されています。第２のコーナーは日本軍「慰安婦」問題、第３は南京大虐殺、731部隊を含む「日本はなぜ無責任でありつづけるのか」のコーナー、そして最後の第４が戦後補償問題、「継続する差別・人権侵害」、弾圧に抗し戦争に反対した人々に関する展示コーナーです。ここでは見学しての感想を書いたり、ポストイットで貼ることもできます。さらに、２階から３階へあがる階段部分には、元毎日新聞記者・大賀和男さんの写真展示があります。